生物土壤修复技术具有广阔的应用前景，有明显的优点，但也有其局限性，只有同物理和化学处理方法结合起来形成综合处理技术，才能更好、更有效地修复土壤污染。
（1）生物修复的优点。生物修复是目前国际上公认的最安全的方法，具有如下优点：①高效性。有机污染物在自然界各种因素（如光解、水解等）作用下会降解，但速度相对缓慢，而生物修复的作用就是可以加速其降解，因而具有高效性的特点；②安全性。多数情况下，生物修复是自然作用过程的强化，生成的最终产物是CO2、水和脂肪酸等，不会导致二次污染或污染物的转移，能将污染物彻底去除，使土壤的破坏和污染物的暴露降低到最小程度；③成本低。生物修复是所有修复技术中费用最低的，其成本约为焚烧处理的1/3~1/4；④应用范围广。生物修复能同时修复土壤和地下水的污染，特别是在其他技术难以应用的场地，如建筑物或公路下，利用生物修复技术也能顺利进行。
（2）生物修复的局限。有机污染物的生物修复起步较晚，目前还存在如下不足：①受污染物种类和浓度的限制。某些生物只能降解特定的污染物，也就是说，一种生物不能降解所有种类的污染物，一旦污染物的种类、存在状态或浓度等发生变化，生物修复能力便不能正常发挥，有机污染物浓度过高会抑制生物的活性，使生物降解无法正常进行；②受环境条件制约。温度、湿度、pH及营养状况也影响生物的生存，从而影响生物降解。环境因子对生物降解的影响很大，这也正是当前生物修复在实验室研究较多，而实际应用较少的原因之一。③负作用。生物修复过程中使用的微生物可能会使地下水污染，也可能会引起植物病害，繁殖过量时会堵塞土壤的毛细孔，影响植物对土壤水分的吸收等；被降解的污染物生成的代谢产物的可能毒性、迁移性及生物可利用性等可能会加强，从而造成新的污染。
