土壤调理剂对农业生产、环境保护等各方面均具有积极的作用，推广土壤调理剂在实际生产中的运用是必行之路。然而在推广的过程中仍有许多问题亟待解决。
第一，潜在风险问题。出于“绿色环保”的制作理念，土壤调理剂很大一部分是对废弃物进行资源化利用，但许多废弃物本身自带的化学元素施入土壤后很可能造成土壤的污染。例如，粉煤灰是工业生产中排放出的大气污染物，施入土壤后有明显的增湿作用，同时由于其富含硼，它还是油料作物的良好肥源，施用粉煤灰改良的土壤上生长的油料作物的产量及品质均有明显提高。但是粉煤灰所携带的重金属元素以及天然放射性核素可能会导致土壤污染和生态环境的放射性污染，存在一定的风险，因此施用时需明确用量，并进行长期的定位跟踪监测。
第二，用量及施土配方。土壤调理剂普遍存在用量问题，用量太少，改土效果不明显;用量太多，成本提高，造成浪费甚至土壤板结等问题。目前各种调理剂都存在测土配方及用量不明确的问题，因此如何配方施用以及施用量是目前研究的重点。
第三，土壤调理剂成本问题。对于农民来说，成本是他们考虑的首要问题。而土壤调理剂普遍存在成本偏高的问题，这无疑会加重农民的投入成本，是土壤调理剂推广过程中面临的最大考验。改进调理剂的生产技术，尽量就地取材，完善土壤调理剂的功能，最大程度地降低生产成本，才是解决土壤调理剂成本问题的关键。
第四，缺乏规范的评价及分类标准。由于土壤调理剂的来源众多，产品也良莠不齐，因此很难建立完整规范的评价体系和分类标准，给使用者造成了选择上的困难。对此，各地的研究人员应该有针对性地就土壤养分失衡、结构不良、水分失调等各方面土壤问题研发产品，国家管理人员应该加强对土壤调理产品知识产权的保护，严格审查专利的成分及效果，同时对产品进行系统的分类和定义。
第五，安全质量问题。伴随着新产品的出现，假冒伪劣产品然会陆续出现在市场上。针对假冒伪劣产品，相关质检部门应加强市场监管，安排不定期监督抽查和质量检验，发现问题立即曝光，以净化土壤调理剂市场。
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